Manastir Mileševa se nalazi u neposrednoj blizini srednjovekovnog puta, koji je povezivao primorske oblasti sa središnjim delovima države i išao dalje na istok. Njime se odvijala živa karavanska trgovina između primorja i zaleđa. To je jedan od razloga što se rano u srednjem veku, nadomak Mileševe, razvijao manastirski trg, današnje Prijepolje, koje se takvom namenom pominje 1343. godine. Put je u srednjem veku vodio desnom obalom Mileševke. Ostaci ovoga puta prekrivenog kaldrmom sačuvani su i do danas.
Manastir Mileševu osnovao je kralj Vladislav, sin kralja Stefana Prvovenčanog, a unuk Nemanjin. Vreme podizanja mileševske crkve nije precizno određeno. Stari biografi kažu da je Vladislav počeo da zida svoj manastir odmah po stupanju na presto, to jest posle 1234. godine. Neke pojedinosti koje mogu da se uoče u samoj crkvi, na freskama, svedoče da je Mileševa mogla da bude sazidana i desetak godina ranije, u vreme kada je Vladislav bio samo kraljević i upravljao župom Crna stena, na čijem se području manastir nalazi. Vladislav je crkvu podigao kao svoje grobno mesto.
Mileševa je rušena više puta. Prvi put krajem prve polovine trinaestog veka, kada je u napadu Kumana stradao i manastir Sv. Petra u Bijelom Polju. Arheološka iskopavanja su pokazala da je u Mileševi, verovatno u to vreme, znatno oštećen bedem duž severne strane monaškog naselja.
Velika razaranja zadesila su manastir već sa prvim prodorima Turaka. U vreme pada srpske srednjovekovne države, 1459. godine, popaljeni su i porušeni delovi zidova. Ubrzo je manastir obnovljen i u njemu je nastavljen život.
U XVI veku Mileševa je dostigla najveći uspeh. Bila je ugledni manstir, veoma bogat i sa velikim brojem monaha. Dobri prihodi u dužem periodu omogućili su da se tu razvije raznovrsna kulturna i zanatska delatnost, kao i da se preduzmu obimnije popravke manastira. Uz crkvu su dodati novi prostori, ponovo su oslikani delovi naosa, a zgrade monaškog naselja su obnovljene ili ponovo sazidane. U manastiru su propisivane, povezivane, ali i štampane knjige. Poznate su dve mileševske štamparije: prva je radila 1544. i 1545. godine, a druga 1557. godine.